Für die Quantifizierung der Klimaschutzwirkung eines Kompensationsprojektes werden wissenschaftliche Berechnungsmethoden verwendet. Die Kompensationsstandards stellen diese Methoden zur Verfügung. Für jede Klimaschutztechnologie gibt es eine eigene, manchmal auch mehrere Methoden, die sich dann in der genauen Anwendung der Technologie unterscheiden.
Inhalte der Methoden sind unter anderem eine genaue Beschreibung der Technologie und ihr genauer Einsatzzweck, Regeln zur Erstellung eines Referenzszenarios, Formeln zur Berechnung der eingesparten oder vermiedenen Treibhausgasemissionen sowie Vorgaben zur Datenerhebung während der Projektumsetzung und -überprüfung.
Das Referenzszenario (engl. „Baseline“) wird im Rahmen der Projektregistrierung erstellt und dient als Grundlage zur Berechnung der vermiedenen Treibhausgasemissionen. Es beschreibt die Treibhausgasemissionen, die in der Projektregion ohne das Kompensationsprojekt entstehen würden. Für ein Kompensationsprojekt im Stromsektor, wie einer Windkraftanlage, die ihren Strom in das regionale Stromnetz einspeist, müssen dafür die Treibhausgasemissionen aller fossilen Kraftwerke am Stromnetz berechnet werden. Dazu zählen sowohl alle Kraftwerke, die während der Projektregistrierung bereits Strom produzieren, als auch alle in naher Zukunft geplanten Kraftwerke.
Das Kompensationsprojekt verringert über die Projektlaufzeit die Treibhausgasemissionen in der Region. Die Differenz zu den Treibhausgasmissionen des Referenzszenarios in tCO2e entspricht der Menge Kompensationszertifikate, die pro Jahr erzeugt werden.